Trong phạm vi bộ Saxifragales có một nhóm trên cấp họ gọi là liên minh Saxifragaceae. Nó bao gồm 4 họ: Pterostemonaceae, Iteaceae, Grossulariaceae, Saxifragaceae[13]. Từ lâu người ta đã biết chúng có quan hệ họ hàng gần với nhau, nhưng định nghĩa của họ Saxifragaceae lại từng thay đổi rất nhiều. Hiện tại, nó là họ nhỏ hơn rất nhiều so với trước đây[17]. Các họ Crassulaceae[18] và Tetracarpaeaceae[19] đã từng gắn liền với Saxifragaceae trong một thời gian dài. Chi Penthorum đã từng gắn với họ Crassulaceae, nhưng đôi khi là với họ Saxifragaceae[20].

Hai thành viên của Saxifragales phần lõi đôi khi đã từng đặt gần Saxifragaceae, nhưng thường ở một nơi nào khác. Chi Aphanopetalum thường đã từng đặt trong họ Cunoniaceae, một họ hiện nay thuộc bộ Oxalidales, mặc dù đã từng có các lý do hợp lý để đặt nó trong bộ Saxifragales[21]. Aphanopetalum hiện nay đã được loại ra khỏi họ Cunoniaceae[22]. Họ Haloragaceae thường đã từng được coi là họ trong bộ Myrtales[23], nhưng hiện nay không còn được đặt trong bộ đó nữa[24].

Họ Cercidiphyllaceae trong một thời gian dài từng gắn với các họ Hamamelidaceae và Trochodendraceae và thường được cho là gần với họ thứ hai hơn[25]. Họ Cercidiphyllaceae hiện nay đã biết là thành viên của nhánh thân gỗ trong bộ Saxifragales, cùng với các họ Hamamelidaceae, Altingiaceae, Daphniphyllaceae, nhưng Trochodendraceae thì hiện tại nằm trong bộ thực vật hai lá mầm thật sự cơ sở là bộ Trochodendrales[26]. Họ Altingiaceae thường đã không tách biệt khỏi họ Hamamelidaceae cho tới khi các nghiên cứu phát sinh chủng loài chỉ ra rằng việc gộp vào như vậy có thể làm cho Hamamelidaceae trở thành cận ngành. Sự công nhận Altingiaceae như một họ tách biệt đã nhận được sự hỗ trợ thống kê mạnh trong năm 2008[13].

Chi Daphniphyllum đã từng luôn được coi là có sự kết hợp dị thường của các đặc trưng[27][28] và đã từng được đặt trong vài bộ khác nhau trước khi phân tích phát sinh chủng loài phân tử chỉ ra rằng nó thuộc về bộ Saxifragales[29].

Họ Paeoniaceae sở hữu nhiều đặc trưng độc nhất vô nhị và vị trí phân loại của nó trong một thời gian dài là vấn đề gây tranh cãi[30]. Một ý tưởng tồn tại từ lâu cho rằng chi Paeonia thuộc về bộ Ranunculales, gần với chi Glaucidium[31][32]. Tuy nhiên, cuối cùng thì họ Paeoniaceae đã được chỉ ra rõ ràng là thuộc bộ Saxifragales[13] trong khi chi Glaucidium là thuộc họ Ranunculaceae[33].

Họ Peridiscaceae đã trải qua sự dịch chuyển và định nghĩa lại đáng kể kể từ năm 2003 tới năm 2009. Ban đầu, nó bao gồm 2 chi có quan hệ họ hàng gần là Peridiscus và Whittonia. Hệ thống APG II năm 2003 đặt họ này trong bộ Malpighiales, dựa trên một trình tự ADN đối với gen rbcL từ chi Whittonia. Trình tự này hóa ra là không phải từ chi Whittonia, mà là từ một loài thực vật khác với ADN của nó đã ô nhiễm mẫu vật[34]. Sau khi Peridiscaceae đã được đặt trong bộ Saxifragales, thì nó được mở rộng để gộp cả Soyauxia vào năm 2007[35] và mở rộng lần nữa để gộp cả Medusandra vào năm 2009[12].